La Couleuvre vipérine (Natrix maura) est actuellement considérée comme monotypique, bien qu'une séparation en plusieurs taxons ait été proposée sans être tranchée. Il existe trois, et probablement quatre, grandes lignées génétiques : celles du Maroc, de la Tunisie (avec la Sardaigne) et de l'Europe, et peut-être une quatrième dans le sud de l'Espagne20. Un échantillonnage plus poussé en Afrique du Nord-Ouest a rattaché les animaux de l'embouchure de la Moulouya (est du Maroc) à ceux du centre et de l'ouest de l'Algérie plutôt qu'au reste du Maroc4. Le pays abrite donc deux lignées et non une seule.
Toutes ces lignées évoluent séparément depuis environ 5 millions d'années, et les lignées africaines occupent une position basale, ce qui suggère une origine africaine de l'espèce. Une telle divergence pourrait justifier d'élever ces lignées au rang de sous-espèces, voire d'espèces. Cela demanderait toutefois des analyses et un échantillonnage plus complets20. La Couleuvre vipérine est l'espèce sœur de tous les autres Natrix, dont elle s'est séparée au début du Miocène, il y a environ 21,5 millions d'années57.















