Contrairement aux vipères sahariennes strictement nocturnes avec lesquelles elle partage parfois le terrain, la Vipère de Maurétanie est active de jour comme au crépuscule, dans les premières heures de la nuit, et parfois même tard la nuit quand la température est assez élevée[15] (obs. pers.). On la trouve typiquement au pied des buissons, dans les fissures des rochers ou à l'entrée des terriers, rarement loin d'un abri.
L'activité est fortement saisonnière. Dans la région d'Oran, en Algérie, les animaux entrent en dormance pendant les mois les plus froids et reprennent leur activité en mars[21]. Au Maroc, le schéma est vraisemblablement similaire, la durée et l'intensité de la dormance hivernale variant avec l'altitude et le climat local, avec des pics d'activité de surface d'avril à juin puis de septembre à octobre[15]. Il est possible que l'activité bascule aussi vers les premières heures de la nuit en été (comm. pers.). Les données de morsures apportent un appui indirect : les morsures notifiées au centre antipoison marocain se concentrent au printemps (44 %) et en été (42 %), avec un pic marqué en juin, même si cela reflète autant l'activité humaine que celle du serpent[2].
L'observation la plus constante à propos de ce serpent est sa difficulté à être trouvé vivant, et deux explications ont été avancées. Martínez-Freiría et al.[16] attribuent la rareté des rencontres à une activité ou une densité réellement faible, et notent que c'est précisément ce qui a empêché de réunir des données d'histoire naturelle sur l'espèce. Les naturalistes de terrain marocains l'attribuent plutôt à une persécution soutenue sur une très longue période, soulignant que la plupart des rencontres se font avec des animaux déjà morts sur la route[15]. Les deux explications ne s'excluent pas, et les données disponibles ne permettent pas de trancher.
Côté tempérament, les observateurs marocains décrivent l'espèce comme irascible, et son caractère explique en partie pourquoi les charmeurs de serpents lui préfèrent la Vipère heurtante (Bitis arietans) pour la manipulation[15].
Lors de nos rencontres, la plupart des individus se déplaçaient lentement en ne laissant entendre qu'un faible sifflement. Aucune Vipère de Maurétanie ne nous a mordus, même manipulée pour des photos sur fond blanc (obs. pers.). Elle peut toutefois frapper extrêmement vite : manipuler ce serpent ou s'en approcher de près est donc fortement déconseillé.