Pendant la plus grande partie du XXe siècle, les Vipères des montagnes marocaines ont été distinguées en se basant uniquement sur leur apparence. Celles du Haut Atlas central sont plus petites, dépassant rarement 40 cm, avec un dos à barres transversales plutôt qu'en zigzag. Celles du Rif, du Moyen Atlas et de l'est du Haut Atlas ont la taille de la plupart des vipères européennes (40-50 cm). Les vipères naines du Haut Atlas ont été nommées Vipera latastei montana en 1953, renommées monticola l'année suivante, puis élevées au rang d'espèce à part entière, Vipera monticola, en 1986. Les vipères de taille normale du nord du Maroc étaient encore rattachées à Vipera latastei, l'espèce présente dans le sud de l'Espagne27292.
De nouvelles mesures ont confirmé que les vipères naines du Haut Atlas central, alors rattachées à Vipera monticola, se distinguent de manière constante. Des vipères de taille normale ont toutefois été trouvées dans l'est du Haut Atlas et dans le Moyen Atlas, brouillant le critère sur lequel l'espèce avait été fondée6.
L'ADN a ensuite bouleversé cet arrangement. Le séquençage a montré que toutes les populations marocaines appartiennent à un même groupe nord-africain, et que les vipères naines du Haut Atlas central ne sont pas suffisamment distinctes génétiquement des autres vipères marocaines de taille normale pour justifier l'existence de deux espèces séparées33. Un échantillonnage plus large a révélé que la population de l'Atlas occidental constitue une lignée génétique propre, et que les animaux de l'Atlas oriental et du Rif appartiennent à la même lignée13. Autrement dit, la taille n'était pas un critère de diagnostic fiable. À ce stade, toutes les lignées marocaines furent en outre rattachées à la vipère de Lataste ibérique, Vipera latastei, et Vipera monticola fut ainsi invalidée.
Une étude de 2021, combinant génétique, morphologie et écologie, a montré que les vipères nord-africaines étaient en réalité séparées des vipères ibériques depuis la réouverture du détroit de Gibraltar, il y a environ cinq millions d'années. Les Vipères de montagne d'Afrique du Nord sont donc plus pertinemment traitées comme espèce à part entière. Vipera monticola a été de nouveau considérée comme valide. Elle regroupe désormais toutes les Vipères de montagne d'Afrique du Nord, tandis que Vipera latastei est devenue une endémique ibérique. Trois sous-espèces ont été reconnues, correspondant à trois lignées génétiques et, grossièrement, à trois parties du pays : Vipera monticola saintgironsi dans le Rif, le Moyen Atlas et l'est du Haut Atlas, Vipera monticola monticola dans le Haut Atlas central, et Vipera monticola atlantica dans l'ouest du Haut Atlas20. Les données génomiques ont depuis conforté cet arrangement11.










