La Salamandre d'Afrique du Nord est classée Vulnérable sur la Liste rouge de l'UICN, avec un déclin des populations[22]. Les menaces touchent toute son aire de répartition et fragmentent les populations en noyaux de plus en plus isolés.
Comme ce statut vaut pour l'espèce entière, une réévaluation au niveau des sous-espèces serait utile. La sous-espèce Salamandra algira spelaea est particulièrement préoccupante, du fait de son aire extrêmement restreinte (moins de 45 km²) et de ses exigences d'habitat spécialisées, et pourrait mériter d'être élevée à un statut de conservation plus critique lors d'évaluations futures[15].
Les principales menaces au Maroc sont :
- La perte d'habitat, par déforestation, surpâturage, agriculture et aménagements comme les routes
[22]. - Des sécheresses plus fréquentes, qui dégradent la qualité de l'habitat et les chances de reproduction, ses besoins reproducteurs particuliers rendant la salamandre très sensible au changement climatique
[12]. - La canalisation et le remodelage des cours d'eau pour l'irrigation
[22], ainsi qu'une pollution locale de l'eau (obs. pers.). - Les poissons introduits et l'écrevisse de Louisiane (Procambarus clarkii), relevés jusque dans les aires protégées, qui menacent les œufs et les larves
[2] ; l'équipe a constaté leur présence sur des sites à salamandres (obs. pers.). - Les maladies fongiques, en particulier la chytridiomycose : le champignon chytride Batrachochytrium dendrobatidis (Bd) est présent chez les amphibiens marocains depuis 2011, premier signalement nord-africain. L'essor du tourisme herpétologique aggrave le risque, les visiteurs pouvant propager le champignon d'un site à l'autre en l'absence de mesures de biosécurité de base comme la désinfection des bottes et du matériel
[1] (obs. pers.).
Des travaux récents ont permis de préciser les effets de ces menaces. L'espèce a été inscrite à l'Annexe III de la CITES en 2023, et sa population aurait chuté d'environ 30 % au cours de la dernière décennie[6]. Dans le Rif, l'extension de la culture du cannabis ajoute une pression locale[29].
La salamandre est présente dans plusieurs parcs et réserves, dont le Parc national de Talassemtane et le Parc national d'Al-Hoceima, tous deux créés au titre de la loi marocaine sur les aires protégées (loi 22-07)[23]. Aucun amphibien marocain ne bénéficie d'une protection légale propre à l'espèce[29]. Son inscription à l'Annexe III de la CITES en 2023 la fait toutefois relever de la loi 29-05[24], qui réglemente la collecte, la détention et le commerce des espèces inscrites.

La destruction de l'habitat des Salamandres d'Afrique du Nord (Salamandra algira) est la plus grosse menace pesant sur l'espèce. Ici, habitat de la sous-espèce tingitana, morcelé par des carrières.

Le développement des routes et l'augmentation du trafic routier autour des habitats importants pourraient également constituer une menace supplémentaire non négligeable.