La Cistude d'Europe (Emys orbicularis) est une tortue d'eau douce de taille moyenne, à la carapace légèrement bombée, parfois presque ronde mais souvent un peu plus large à l'arrière[20]. Dans la région méditerranéenne, la carapace des adultes dépasse rarement 15 cm de long[15][8]. Dans le Rif, les adultes mesurent environ 12 à 13 cm[8]. Le plastron (la face inférieure de la carapace) porte une charnière, et sa jonction avec la partie supérieure de la carapace n'est pas osseuse, si bien que la tortue peut refermer partiellement sa carapace[15]. Les doigts sont palmés[18], une adaptation à la vie aquatique.
La tête est sombre, ornée sur le dessus d'un motif jaune vif et contrasté[12]. Chez les cistudes de la péninsule Ibérique et du Maghreb, ces marques dessinent des lignes sinueuses sur fond noir, et les pattes antérieures portent généralement deux bandes claires[13]. L'iris est jaune à blanc jaunâtre, marqué d'une croix noire centrée sur la pupille. Cette croix est nettement plus visible chez les femelles que chez les mâles[12].
Chez l'adulte, la carapace est noire, ornée de stries jaunes courtes et épaisses qui rayonnent depuis le centre de chaque plaque[12]. Chez les subadultes et les jeunes adultes, le plastron est souvent noir à plus de 90 %. Ce noir s'estompe avec l'âge, et de nombreux individus âgés ont un plastron entièrement jaune[12]. La peau est ponctuée et striée de jaune[20]. La carapace peut être rongée par des algues vertes[12], et dans le Rif, certaines sont teintées de rouge par des sédiments riches en fer[11].
Cistude d'Europe (Emys orbicularis) : la tête et ses marques jaunes, le plastron et la carapace, et deux individus de profil montrant la variation chromatique de la carapace mais également du corps.
Mâles et femelles se distinguent nettement par la forme de la carapace et par la queue. Le mâle a une carapace plus aplatie, un plastron souvent concave, des griffes plus recourbées et une queue plus épaisse. Son cloaque est situé plus loin du bord postérieur de la carapace[15]. Dans cette sous-espèce (Emys orbicularis occidentalis), les mâles ont tendance à porter des marques jaunes plus courtes et plus arrondies que les femelles[12].
Les juvéniles présentent une carène plus ou moins marquée le long de la ligne médiane de la carapace[20]. Au Maroc, les nouveau-nés ont une carapace brune bordée de jaune, une tache jaune au milieu de chaque plaque latérale et un fin piqueté noir sur l'ensemble. Leur plastron est jaune, avec une grande tache noire au centre[12].
Les cistudes du Rif présentent le motif typique de rayons jaunes sur une carapace noire[10]. Certaines cistudes du Moyen Atlas sont beaucoup plus claires, avec une carapace jaune parcourue de fines lignes noires[12]. Celles de cette région portent davantage de jaune sur les pattes antérieures que la plupart des cistudes de plaine[12].
La Cistude d'Europe (Emys orbicularis) et la Cistude de Sicile (Emys trinacris) sont les seules représentantes, dans l'Ancien Monde, d'une famille par ailleurs cantonnée aux Amériques[36]. Jusqu'en 2014, toutes les cistudes d'Afrique du Nord étaient rattachées à la sous-espèce Emys orbicularis occidentalis et considérées comme arrivées récemment d'Europe[36]. Des analyses génétiques menées sur des cistudes de toute l'Afrique du Nord ont ensuite montré que seules les marocaines appartiennent à cette sous-espèce. Celles de l'est de l'Algérie et de Tunisie forment une sous-espèce distincte, qui n'a pas encore été formellement nommée[36].
La même étude a placé les cistudes ibériques au sein du groupe marocain dans l'arbre de parenté, et a trouvé chez elles une diversité génétique plus faible. Les cistudes auraient donc d'abord atteint le Maroc, avant de recoloniser la péninsule Ibérique à partir de là[36]. Les cistudes ibériques, jusque-là décrites comme une sous-espèce distincte (Emys orbicularis fritzjuergenobsti), ont par conséquent été rattachées à Emys orbicularis occidentalis[36].
Au Maroc, les cistudes du Rif se distinguent génétiquement de celles du Moyen Atlas[36][40]. Les quelques individus échantillonnés dans la province de Kénitra, sur la plaine atlantique, appartiennent au groupe du Moyen Atlas[36], et les populations du Moyen Atlas présentent une faible diversité génétique[40]. Le Rif concentre la plus forte diversité génétique, et la lignée marocaine y serait probablement née[40].
Certaines cistudes de Cadix et de Malaga (sud de l'Espagne) portent des types génétiques connus nulle part ailleurs que dans le Rif. Elles pourraient descendre d'une seconde traversée, récente, du détroit de Gibraltar, ou de tortues transportées par l'homme, et les données actuelles ne permettent pas de trancher[40]. Dans l'ensemble, les populations marocaines sont génétiquement plus diversifiées que les ibériques, et les deux ont suivi des trajectoires évolutives largement séparées, façonnées par le détroit de Gibraltar[30].
La Cistude d'Europe (Emys orbicularis) peut être confondue avec l'Émyde lépreuse (Mauremys leprosa), qui fréquente souvent les mêmes points d'eau, et, de loin, avec la Tortue mauresque (Testudo graeca). Le critère le plus sûr est le plastron, articulé chez la Cistude.
Cistude d'EuropeEmys orbicularis
Émyde lépreuseMauremys leprosa
Tortue mauresqueTestudo graeca
Milieu
Aquatique
Aquatique
Terrestre
Plastron
Articulé[15]
Rigide
Rigide
Carapace
Peu bombée, sombre, souvent ponctuée de jaune
Basse, fauve à olive, parfois de grandes taches
Haute et bombée, jaunâtre à brune
Tête et cou
Sombres, points jaunes
Olive, bandes s'estompant avec l'âge
Tête sombre, tachée de jaune
Pattes
Palmées
Palmées
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