À l'échelle mondiale, l'espèce est évaluée en Préoccupation mineure par l'UICN, avec une population en déclin, au motif qu'elle est largement répartie, très adaptable et soumise seulement à des menaces localisées de collecte, de dégradation de l'habitat et d'usage de pesticides. Les évaluateurs notent néanmoins qu'elle était autrefois commune dans la région méditerranéenne et y est désormais très rare, et que les déclins observés sur une grande partie du nord de l'aire pourraient justifier une action de conservation spécifique[25]. Deux éléments limitent le poids de cette évaluation pour le Maroc. Elle date de juillet 2012 et précède donc tout le travail quantitatif sur le prélèvement d'individu sauvage au Maroc, et son contenu marocain est mince. À l'échelle nationale, l'espèce est classée Vulnérable, sur une réduction de population due à la baisse de qualité de l'habitat et à l'exploitation[17].
La collecte pour le charme des serpents est la menace dominante, et c'est l'espèce autour de laquelle ce commerce s'est bâti. On estime que les chasseurs prélèvent environ 727 cobras égyptiens par an au Maroc, contre environ 310 exhibés chaque année par les charmeurs. Ce déficit de plus de 400 animaux est attribué à la mortalité lors du transport et en captivité, au commerce illégal et aux ventes aux laboratoires d'antivenin[18]. L'espèce est la plus rare en nature et la plus chère dans le commerce entre chasseurs et charmeurs[18]. Un grand spécimen peut se négocier à plus de 100 USD et, selon un chasseur local, les prix ont fortement augmenté au cours de la dernière décennie, signe de l'effort croissant qu'il faut fournir pour en trouver un dans la nature (comm. pers.). De plus, les zones de chasse se sont déplacées d'environ 96 km vers le sud-ouest sur le même intervalle, s'éloignant de Marrakech vers des terres moins accessibles, ce que les chasseurs ne feraient pas si le terrain septentrional produisait encore. Les chasseurs plus âgés rapportent moins de serpents et davantage de concurrents qu'il y a quelques années[18].
La manière dont le prélèvement fonctionne le rend pire que les chiffres bruts ne le laissent croire, car les chasseurs prennent les plus grands et les plus spectaculaires. Les cobras mesurés en possession des charmeurs faisaient en moyenne 136 cm du museau au cloaque, contre 87 cm pour les animaux trouvés au hasard en nature. Le sex-ratio des animaux prélevés est équilibré, ce qui signifie que les femelles gravides ne sont pas relâchées, contrairement à ce que disent les chasseurs[18].
Quatre pressions supplémentaires pèsent sur la population.
- La mise à mort directe est une menace majeure pour tous les serpents, et un grand venimeux est particulièrement visé
[25]. - Les pesticides sont une menace importante autour des habitations. Comme les cobras se nourrissent de rongeurs, ils sont aussi exposés à un empoisonnement secondaire là où des rodenticides sont employés
[25]. - Les puits, citernes et autres ouvrages hydrauliques font office de pièges à travers le Maroc aride et tuent des reptiles en quantité
[10]. - La mortalité routière touche elle aussi l'espèce, et le réseau routier, comme le nombre de véhicules, ne cesse de croître dans l'aire du cobra (comm. pers.).
Les serpents sont formellement protégés au Maroc par le décret d'application de la loi 29-05, catégorie IV, mais le nombre pouvant être prélevé ou exhibé n'est pas limité, et la protection a peu d'effet sur le terrain[4]. La gestion du prélèvement est la seule mesure de conservation que l'évaluation mondiale de l'UICN juge nécessaire[25]. Les mesures proposées spécifiquement pour l'Afrique du Nord comprennent l'octroi de licences aux chasseurs et charmeurs, le plafonnement du nombre d'animaux que chacun peut prélever par an, le marquage des individus par transpondeur, l'interdiction d'exhiber des serpents édentés, et la mise en place d'un programme d'élevage en captivité du Cobra égyptien, afin d'approvisionner charmeurs et laboratoires d'antivenin sans puiser dans la population sauvage[18].

Cobras égyptiens (Naja haje) à Marrakech, sur la place Jamaa el Fna, exploités jusqu'à leur mort avant d'être remplacés par de nouveaux individus prélevés dans la nature.

Les puits et autres ouvrages hydrauliques sont des pièges mortels pour de nombreux serpents, dont le Cobra égyptien. Lors de nos expéditions, nous avons trouvé plus de cobras morts dans ces structures que d'individus vivants en liberté.